在使用有些廠家5通道的熒光定量儀時，為了確保實驗結果的精確性和準確性都要在實驗中使用ROX（一種熒光染料）或專用的Referencedye，這些熒光染料都必須單獨使用一個檢測通道。這樣以來，真正能檢測多重PCR熒光信號的有效通道只有4個，而且使用校正染料可能會增加后期的使用成本。有的熒光定量PCR的檢測通道是只為自已廠家的專用的熒光染料或試劑開放的，有效檢測通道也絕非像宣傳資料中宣稱的那么多。在購買前確認熒光定量PCR儀器的有效檢測通道尤為重要，不能單單只聽宣傳。

　　

　　考慮多重ABI_7500熒光定量PCR儀的通道數的時候也應該從實驗室實際情況出發，多重PCR并非人人適用、人人可用，因為多重PCR必須要對退火溫度進行優化，在引物設計的時候就可能開始考慮能不能放在一個反應體系內進行反應，不同的反應需要的退火溫度不同，不合適的退火溫度會降低擴增效率，放大非特異性擴增，甚至擴增不出來，它使實驗指數倍的復雜化了。臨床上因為有試劑廠家專門針對某些疾病開發研制的多重檢測試劑盒，才需要用到3、4、5通道的檢測；科研用的熒光定量因為設計探針麻煩，基本上都用染料法，基本上單通道就能滿足。